进行胃肠镜检查时会进行注气，以展开胃肠道的皱襞，避免遗漏，检查结束后会吸气，但是不可避免地会残留气体在体内，排气后会好转，一般可自行缓解。胃肠镜检查是一个侵入式检查，可能会对胃肠道粘膜造成蹭伤，但一般来说很轻微。比如说做了胃镜后，可能嗓子会有些不舒服，但很快就会恢复。
有的。有麻醉医师参与的无痛胃肠镜可以让检查过程更舒适。麻醉医生辅助使用一些药物，帮助过分紧张、耐受差的患者顺利完成检查。
取活检就是用活检钳从胃肠里钳取一小块组织送病理，以明确病变的性质。在活检过程中，大部分人是没有感觉的，最多是有被揪了一下的感觉，几乎不会感到疼痛。活检是协助胃肠镜诊断，用来明确一些疾病的类型，范围，严重程度等，并非所有取活检的病变都是恶性病变，因此不必过于担心，只需耐心等待胃肠镜的病理检查结果即可。
当然可以一起做。做完胃镜再做肠镜。我们人体的消化道总共有8～9米这么长，小肠大概有4～6米左右，胃镜仅有1米，只能看一小段小肠（十二指肠），是做不到大肠的位置的。肠镜是从肛门进入可以看全整段大肠。
严重肝肾肺功能障碍者；
严重冠心病及心肌损伤伴严重心肌功能不全者（室颤等）；
肺炎或其他感染伴有高热的人；
严重神经系统疾病患者（惊厥、癫痫未控制者、精神疾病）；
经期女性；
孕妇。
结肠镜检查是发现大肠早癌的最为有效的检查方法，而且无可替代。建议在 40-45岁开始行结直肠癌筛查。结肠镜检查可以观察包括直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠、盲肠至回肠末端的肠道黏膜，有无炎症、憩室、息肉及肿瘤。